[1] "/home/mude/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.5"
[2] "/usr/local/lib/R/site-library"
[3] "/usr/lib/R/site-library"
[4] "/usr/lib/R/library" Reprodutibilidade em R e GitHub
introR: introdução à linguagem R
16 de outubro de 2025
Reprodutibilidade
Capacidade de recriar uma análise e obter os mesmos resultados com os mesmos dados e códigos
renv
Gerenciamento de pacotes
- Cria um ambiente reprodutível (reproducible environment) e isolado de pacotes para cada projeto
- Armazena versões dos pacotes em
renv.lock
renv
Por que usar renv?
- Evita conflitos de versão funções mudam entre versões
- Reproduz resultados mesmo após atualizações do R
- Compartilha ambientes com colegas ou colaboradores
- Documenta automaticamente os pacotes usados
renv
Workflow
renv
Sistema de bibliotecas
R behaviour
renvrenv
Fluxo de uso
Documentação no R
Documentação no R
Documentação de pesquisa
Registro sistemático, claro e organizado das etapas de um projeto científico, desde o planejamento até a publicação
Garante que o trabalho possa ser entendido, verificado e reproduzido por outros pesquisadores
Documentação no R
Escrita científica
Documentação no R
Programação Literária
Programação literária é um paradigma de programação introduzido em 1984 por Donald Knuth (LaTeX), no qual um programa de computador é apresentado como uma explicação de como ele funciona em uma linguagem natural (e.g. inglês), intercalado (embutido) com trechos de macros e código-fonte tradicional, a partir dos quais um código-fonte compilável pode ser gerado.
Conceito inicial
Implementação moderna com Quarto
Quarto
Descrição
- Fornece uma estrutura para ciência de dados, combinando código, resultados e texto
- Documentos são totalmente reproduzíveis, automatizando a inclusão das últimas versões dos resultados e análises
Quartoé a nova geração do R Markdown
Quarto
Multiplas saídas
- Múltiplos formatos de saída: páginas web, PDFs, Word, sites, livros e mais
Quarto
Usos
Comunicação com tomadores de decisão ou público mais amplo, com foco nas conclusões, não nos códigos das análises
Colaboração com outros cientistas de dados, interessados tanto nas conclusões quanto nos códigos
Ambiente para fazer ciência de dados, como um caderno de laboratório moderno, registro do que foi feito e dos pensamentos
Quarto
Funcionamento
Quarto
Funcionamento
Quarto
Projeto Quarto
Quarto
Arquivo Quarto (.qmd)
Quarto
Arquivo Quarto (.qmd)
Quarto
Arquivo Quarto (.qmd) - Source editor
Quarto
Arquivo Quarto (.qmd) - Visual editor
Quarto
Arquivo Quarto (.qmd) - Renderizar
Quarto
Arquivo Quarto (.qmd) - Anatomia
- YAML (Yet Another Markup Language): cabeçalho (início do
.qmd) onde são inseridas as configurações do documento (formatação, data, título, autor etc.), delimitado por---e--- - Texto: usa markdown como sua sintaxe de documento principal
- Códigos (chunks): blocos de códigos onde se insere códigos em R, Python, Julia e outros, delimitado por
```{r}e```
Quarto
Arquivo Quarto (.qmd) - Anatomia
---
title: "Hello, Penguins"
format: html
execute:
echo: false
---
## Meet the penguins
The __penguins__ data contains size measurements for
penguins from three islands in the Palmer Archipelago,
Antarctica.
The _three_ species of penguins have quite distinct
distributions of physical dimensions (@fig-penguins).
# ```{r}
#| label: fig-penguins
#| fig-cap: "Dimensions of penguins across three species."
#| warning: false
library(tidyverse, quietly = TRUE)
library(palmerpenguins)
penguins |>
ggplot(aes(x = flipper_length_mm, y = bill_length_mm)) +
geom_point(aes(color = species)) +
scale_color_manual(
values = c("darkorange", "purple", "cyan4")) +
theme_minimal()
# ```Quarto
Arquivo Quarto (.qmd) - Anatomia
---
title: "Hello, Penguins"
format: html
execute:
echo: false
---
## Meet the penguins
The __penguins__ data contains size measurements for
penguins from three islands in the Palmer Archipelago,
Antarctica.
The _three_ species of penguins have quite distinct
distributions of physical dimensions (@fig-penguins).
#| label: fig-penguins
#| fig-cap: "Dimensions of penguins across three species."
#| warning: false
library(tidyverse, quietly = TRUE)
library(palmerpenguins)
penguins |>
ggplot(aes(x = flipper_length_mm, y = bill_length_mm)) +
geom_point(aes(color = species)) +
scale_color_manual(
values = c("darkorange", "purple", "cyan4")) +
theme_minimal()
Quarto
Arquivo Quarto (.qmd) - Texto - markdown
Markdowné um formato de texto simples projetado para ser fácil de escrever e, ainda mais importante, fácil de lerQuartoé baseado noPandoce usa sua variação demarkdowncomo sintaxe de documento
Quarto
Arquivo Quarto (.qmd) - Código - chunk
The _three_ species of penguins have quite distinct
distributions of physical dimensions (@fig-penguins).
````{r}
#| label: fig-penguins
#| fig-cap: "Dimensions of penguins across three species."
#| warning: false
library(tidyverse, quietly = TRUE)
library(palmerpenguins)
penguins |>
ggplot(aes(x = flipper_length_mm, y = bill_length_mm)) +
geom_point(aes(color = species)) +
scale_color_manual(
values = c("darkorange", "purple", "cyan4")) +
theme_minimal()
````
Quarto
Arquivo Quarto (.qmd) - Código - chunk
Quarto
Galeria
Quarto
Quarto e GitHub
Podemos hospedar gratuitamente as saídas do Quarto de forma on-line no GitHub
Repositório > Settings > Pages > GitHub Pages
Shiny
Descrição
- Framework do R para criar aplicações web interativas
- Permite construir dashboards, painéis de visualização, e ferramentas analíticas
- Totalmente integrado ao R (sem necessidade de HTML/CSS/JS)
Shiny
Exemplo
- Disponibilização de redes de interação planta-dispersor na Mata Atlântica
